蛋白分子动力学模拟

简介：本技术利用分子动力学模拟技术，计算蛋白质分子在原子水平的运动轨迹，研究蛋白质大分子相互作用，蛋白质受体和小分子配体相互作用，以及蛋白质分子构象变化。可以在分子对接(docking)基础上，进一步确认结合，以及优化结合。为实验设计和验证提供理论依据，为文章发表提供计算生物学数据。

适用领域：药物研发 （新药筛选和优化/药物-靶点相互作用机制研究/先导化合物的结构优化/）

                     蛋白质研究 （蛋白质折叠机制研究 /蛋白质-蛋白质相互作用研究 /关键功能位点识别）

                     生物酶定向进化/生物催化剂开发

价格：询价。

应用场景：

1.快速验证小分子配体结合蛋白质受体，模拟受体的可能构象变化，锁定参与构象变化的碱基，为设计实验验证 (wet lab) 提供理论数据和图表 (见例图）。

2. 使用AlphaFold预测蛋白质结构或者蛋白质复合体结构后，通过分子动力学模拟来验证预测。

3. 研究蛋白质分子的折叠稳定性，从而指导工程化，获得更稳定的分子。

4. 研究 DNA/RNA折叠，解旋，以及和蛋白质大分子相互作用。

例图中，模拟雄性激素受体(AR)和配体结合的分子动力学。图A显示野生型AR和配体有明显的构象变化（紫色线条），和报导的实验结果一致；图 B显示哪些AR碱基会参与构象变化。图C显示了这些碱基在立体结构上的位置。

类似的应用：筛选配体小分子，研究和疾病相关的突变，发现新的作用机制