分子相互作用理论计算

  理论计算团队成员来自顶尖高校及科研院所，专业背景深厚，长期围绕纳米尺度下分子相互作用开展模拟计算工作。多年来从事纳米固-液界面与分子作用的模拟研究，在生物分子界面作用（小分子药物与蛋白、核酸结合），生物系统-纳米材料相互作用（生物分子与纳米材料吸附），纳米催化（电子转移过程）等领域有丰富的计算模拟工作经验。

  研究所用的计算手段包括量化计算、分子动力学模拟、粗粒化模拟、分子对接等方法。对这些方法的相关软件也都十分精通，如量化软件Gaussian、VASP；分子动力学模拟软件NAMD、Gromacs、AMBER；粗粒化模型Martini、DPD；分子对接软件AutoDock、ZDOCK、PathDock等。熟练掌握Fortran，Shell，Python，TCL等多种编程语言，在数据分析过程中综合运用这些语言来编写处理脚本。

  具体来说，研究过的目标体系主要有：水中纳米材料系统（自组装、力学响应、渗透和过滤体系）、生物分子与纳米材料系统（纳米颗粒表面分子吸附与交换、分子测序的机制分析、纳米材料或分子跨膜机制）、小分子与生物分子系统（小分子与生物大分子作用、信号通路药物虚拟筛选等）。

  研究的内容包括配体–受体复合物体系的相互作用机制：相互作用模式、诱导契合效应、蛋白二级结构变化；预测活性小分子的结合自由能，阐明机理或指导结构改造；蛋白质结构预测，同源建模，优化蛋白结构。

膜蛋白分子动力学，各种磷脂膜的通透性研究，膜蛋白通道，纳米材料对磷脂膜的作用；拉伸分子动力学（SMD），蛋白解折叠研究，蛋白及碳纳米材料的弹性性质研究； 副本交换分子动力学（REMD），蛋白质结构转变研究等。

                       药物分子筛选

                                                                             纳米器件模拟

                                                                        蛋白质与分子相互作用

                                                                         蛋白与纳米颗粒相互作用

 用户相关成果在Nature Chemistry、PNAS、 JACS、 Angew. Chem.、 Nature Communications、Advanced Materials、Nano Letters、Environment Science & Technology 等期刊发表。